蛋白質組學研究技術有哪些（蛋白質組學研究）

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作者：盛師傅
今天教大家用蛋白質組學文章，從技術上輕松灌水博士畢業(yè)神刊oncotarget(發(fā)文章除了自身水平外，也看很多其他的的方面，懂的都懂) 。
在正文開始之前，推薦蛋白質組學的一本書和一篇綜述，書是冷泉港蛋白質組學實驗手冊 ， 適合完全不懂零基礎的開始學 ， 綜述是chemical review（影響因子有40多，化學類第一高）上的Protein Analysis by Shotgun/Bottom-up Proteomics，適合有一定基礎的看 。
好了，現在開始正題，什么是蛋白質組學，Proteomics includes not only the identification and quantification of proteins, but also the determination of their localization, modifications, interactions, activities, and, ultimately, their function 。
我們主要講的就是identification and quantification of proteins ， 這就引出了兩類文章，第一種是盡可能多的鑒定細胞或組織中一切蛋白質，這一部分跟分析化學有關就不多講，第二種是差異蛋白質組學，通過尋找各種因素引起的蛋白質表達差異，以解釋細胞生理和病理機制 。
從醫(yī)學角度來看，蛋白質組學整個實驗流程簡單易懂 。第一步 ， 不同組織或細胞樣品間的蛋白質的分離，第二步蛋白質鑒定、定量，找出有顯著表達差異的蛋白 。第三步，在此基礎上選定蛋白進行驗證，最后生信分析（如下圖） 。
其中分離有兩套不同的流程，第一個是top-down(直接分離蛋白質），主要技術是二維電泳（不推薦 ， 很麻煩） 。第二個是buttom-up（分離蛋白質酶解后得到的多肽）,主要技術是LC 。

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今天要講的是top-down ， 文章發(fā)在oncotarget上，題目如下
Identification of protein clusters predictive of tumor response in rectal cancer patients receiving neoadjuvant chemo-radiotherapy
背景什么的就不說了，速讀摘要看具體怎么做的 。

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1. 通過比較差異蛋白表達找出一個生物標志物來預測療效好壞 。
2. 根據療效來設置3個組比較差異表達蛋白，用雙向熒光差異凝膠電泳(2D-DIGE)來進行分離定量 。

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3. 通過2D膠圖象分析軟件找出30個顯著差異表達的蛋白質點，其中16個點的表達在TRG1-2 vs TRG3有顯著差異 ， 14個點的表達在TRG1-2 vs TRG4有顯著差異 。作者用這里的30個點作為參數降維進行主成分分析，發(fā)現不管是TRG3還是TRG4與TRG1-2都可以很好的分開 。
【蛋白質組學研究 ?蛋白質組學研究技術有哪些】另外還分析了30個點在正常與癌癥組織中的表達情況 。
對比發(fā)現377、471、683和684四個蛋白質點的表達在TRG3 和TRG4 vs TRG1-2均有顯著差異 。471、683和684三個點在正常與癌癥組織中表達有顯著差異 。

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4.將蛋白質點酶切成多肽，用nano-lc分離后用生物質譜鑒定蛋白質 。
5.將鑒定出的候選蛋白質用另一批病人來驗證，最后用STRING進行了蛋白相互作用分析 。

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該文思路簡單，分離-鑒定-驗證分析，是一篇經典的應用二維電泳來進行差異蛋白質組學分析的文獻 ， 值得參考 。

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